东北环保督查中心大力加强自身建设，切实提高党支部的凝聚力和战斗力。中心党支部把学习型党组织建设作为首要政治任务，根据督查中心的实际情况，不断加强和改进学习。在中心领导班子的示范带头作用下，各个党小组按照中心党支部的总体部署和安排，认真组织学习，真正实现了学习一个专题、推动一项工作，各项业务工作均取得积极进展。
东北环保督查中心党支部以“加强领导干部党性修养、树立和弘扬良好作风”、“贯彻落实《党员领导干部廉洁从政若干准则》切实加强领导干部作风建设”为主题，组织召开了两次党员领导干部民主生活会，并于2010年3月召开了中心成立以来第一次支部党员大会，把党的建设摆在了更加突出的位置。进一步强化了日常管理，规范了执法行为，组织部分青年干部到军营里参加军事训练，锻炼了意志品质，强化了集体意识和纪律观念。在业务建设方面，通过加强学习和培训，队伍业务素质和能力有了很大提高。
东北环保督查中心党支部对党风廉政建设和反腐败工作高度重视，始终坚持把党风廉政建设和反腐败工作当作头等大事来抓。每年都要组织召开党风廉政建设座谈会，请东北三省环保部门的同志帮助查找党风廉政建设方面的问题和不足，研究制定改进措施。结合督查工作实际，制定并实施了党风廉政建设监督员和监督卡制度。
通过开展创先争优活动，有力地促进了各项业务的开展。特别是为落实部党组提出的“提前完成松花江流域‘十一五’规划目标任务”和“使松花江成为江河湖泊休养生息的样板”的要求，东北环保督查中心采取超常规措施，加大督查力度，创新工作方法，通过以城市为单元开展综合督查、以重点支流为单元开展流域督查、以规划项目为抓手开展驻点督查等方式，有力推动了松花江流域水污染防治工作的开展，促进《松花江流域水污染防治“十一五”规划》目标任务提前完成，流域内主要污染物排放总量持续减少，水环境质量明显改善。在建设项目“三同时”现场验收检查工作中，中心工作人员既严格执法，又热心为企业服务，得到了地方环保部门和建设单位的理解与支持。