按照职能，秦岭生态环境保护管理委员会办公室今后将致力于贯彻执行有关秦岭生态环境保护方面的法律法规、方针政策，组织编制秦岭西安段生态环境保护利用中长期发展战略、总体规划、专项规划，指导监督市级相关部门和区县政府做好秦岭生态环境保护工作。西安市也力图通过这一专门机构的管理和运作，使秦岭西安段到2020年全部实现山川秀美，80％以上的城镇达到生态或园林城镇标准，秦岭生态环境质量全面改善的目标。
陕西省委常委、西安市委书记孙清云对秦岭生态环境保护工作高度重视，他说，要用科学的态度认识秦岭的价值，从全局和长远入手，决不能因为眼前利益而贻害后世；要对西安人民负责，把保护秦岭当作改善民生、提高市民幸福指数的重要工作来抓；要维护法治的威严，事关秦岭的事情都要服从大局，做到依法办事。
秦岭生态保护总体指导思想是:以科学发展观为指导，以人与自然和谐发展为理念，按照统筹规划、保护优先、合理利用、严格管理的要求，加强对秦岭山区水源及诸河流水系的生态保护，规范秦岭资源开发利用活动，让秦岭真正成为支撑西安城市发展的绿色屏障。基本原则是:把保护和利用有机统一起来，坚持统筹规划、保护优先、合理利用、严格管理的原则，努力提高实施效果。